این حوزه علمیه که در اصفهان واقع شده است، نخستین دوره تحصیلی خود را در سال ۱۳۸۴ آغاز کرد. بانی و واقف این مکان مبارک «بنیاد خیریه فرشچیان» واقع در تهران است. اعضای این بنیاد، مدتی پس از ساخت به محضر مرحوم آیت الله العظمی بهجت رحمه الله شرفیاب شده و در این باره مشورت و کسب تکلیف میکنند. آن عالم بصیر، در عبارتی کوتاه و حکیمانه میفرمایند: «به حوزه علمیه بدهید» .در همان اوان، در جلسه انسی که با حضور حضرت آیت الله العظمی بهجت قدس سره، حضرت آیت الله ناصری و حضرت حجت الاسلام والمسلمین حاج شیخ جعفر ناصری تشکیل شد. حضرت آیت الله بهجت قدس سره مسأله مدرسه علمیه را مطرح فرموده و تولیت آن را به حضرت آیت الله ناصری واگذار کردند. حضرت حجت الاسلام والمسلمین حاج شیخ جعفر ناصری نیز پیگیر همه امور مربوط به مدرسه شدند . ایشان هم، این اقدام را به تولیت و اشراف حضرت آیت الله بهجت قدس سره مشروط کرده که؛ پس از پذیرش این شرط توسط مرحوم آیت الله بهجت اقدامات اولیه انجام شد.
مدرسه حضرت صاحب الزمان علیه السلام فعالیت رسمی خود را از سال تحصیلی ۸۵-۱۳۸۴ آغاز کرد.
در مراسم افتتاحیه که با حضور آیت الله طباطبایی امام جمعه و مدیرحوزه علمیه اصفهان و آیت الله ناصری برگزار شد، نامه حضرت آیت الله العظمی بهجت به مناسبت افتتاح مدرسه قرائت شد که متن آن، از این قرار است:
بسم الله الرحمن الرحیم
الحمدالله رب العالمین والصلاه و السلام علی سیدنا و نبینا محمد و آله الطاهرین
و بعد امتیاز انسان از غیر به علم است. عالِم، انسان است، غیر عالم انسان نیست. افتتاح علم و مواضع تعلیم و تعلم انسداد جهل است و افتتاح انسانیت در انسداد حیوانیت است. تمام خواص انسانیت در علم است و خواص لا انسانیت در جهل است و چون خواص انسانیت احصاء نمیشود خواص علم احصاء نمیشود. «هل یستوی الذین یعلمون والذین لایعلمون…» شریعت تعلیمات است «فی بیوت اذن الله ان ترفع و یذکر فیها اسمه…».
کار لاعلمی و لاانسانی به آنجا میرسد که «واذا الموؤده سئلت بای ذنب قتلت». عاِلم، اخلاق شرعیه را واجد است غیر عالم ضد آنهاست عالم بواسطه علم به شریعت و اقامه صلاه به مقام اقبال بالکل الی الله و کفی به فخرأ و علواً دائمیاً میرسد.
اللهم اجعلنا من اهل العلم الهادی الی العمل الصالح الذی لاشر معه و لاخیر دونه بسبب ملازمه الثقلین الکتاب و العتره علیهم السلاه والسلام علی الدوام. اللهم انزلنا منزلاً مبارکاً و انت خیر المنزلین. و صلی الله علی محمد و آله الاطهرین الطیبین الطاهرین.
العبد محمد تقی البهجت
رجب المرجب
۱۴۲۶