داستان های زیادی‏ از کرامات مرحوم آیت الله سید مرتضی کشمیری نقل شده است.
مشهورترین آن که حتی گاهی مداح‏ ها هم می‏ گویند این جریان است که گاهی پشت در بسته‏ قرار می ‏گرفتند می ‏گفتند: می ‏گویند اسم مادر موسی را اگر کسی بداند و به قفل بسته بخواند قفل باز می ‏شود مگر اسم‏ مادر ما حضرت زهراء علیها السلام کمتر از اسم مادر حضرت موسی است؟ بعد یک «یا زهراء» می ‏گفته و قفل باز می ‏شد. ایشان‏ مکرر این کار را انجام می ‏دادند.